A szabálytalan támogatások ötszörösére nőttek az uniós források felhasználása során 2008. és 2009. között. Az intézményeink nem tekintették szabálytalannak az EU által annak ítélt átcsoportosításokat, korrekciókat, a nyilvánosság nem kapott megfelelő információt az uniós pénzek felhasználásáról - ilyen problémákat találtak az Állami Számvevőszék szakemberei.

Magyarország az értékelt 2004-2009 közötti időszakban 3745 Mrd Ft EU és kapcsolódó hazai támogatást használt fel. Az intézmények programonként elkülönülten számoltak be az Európai Bizottságnak a szabálytalanságokról, az azok miatti visszafizetésekről, de nem készült valamennyi uniós programra átfogó, a programok több éves adatait, a pénzügyi korrekciókat (átcsoportosításokat, bizottsági elvonásokat stb.) is tartalmazó beszámoló. Ezen szempontoknak a hazai zárszámadás keretében adott beszámoló sem felelt meg.

Az átláthatóságot rontotta, hogy az intézmények nem kezeltek szabálytalanságként olyan, az Európai Bizottság által megállapított szabálytalanság miatti pénzügyi korrekciókat, átcsoportosításokat, amelyek több tíz milliárd forint többlettel terhelték a hazai költségvetést. Ilyen volt pl. a közbeszerzési szabálytalanságok miatti közel 66,6 Mrd Ft-os pénzügyi korrekció. A Bizottság vitatta további 35 Mrd Ft elszámolhatóságát.  A nyilvántartási és beszámolási rendszer fenti hiányosságai miatt sem a döntéshozók, sem a nyilvánosság nem kapott megfelelő információt az uniós források felhasználásáról.  Az NFÜ és az MVH - szabályozás szerint  - az Európai Csalásellenes Hivatal (az OLAF) nemzetközi szervezete számára a 10 000 eurót meghaladó szabálytalanságokról számolt be.